Die Erfahrungen mit der 2012 in Kraft gesetzten Verordnung über die Flughafengebühren (FGV) zeigten, dass einige Bestimmungen präzisiert werden müssen. Im Dezember 2015 hatte der Preisüberwacher dem Bundesrat zudem seine formellen Empfehlungen zur FGV mitgeteilt. Er forderte insbesondere, die ökonomischen Eckwerte der Verordnung zu Gunsten der Fluggesellschaften anzupassen. Vor diesem Hintergrund wurde das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) beauftragt, die Verordnung über die Flughafengebühren zu überprüfen und eine Revisionsvorlage auszuarbeiten. Das BAZL hat in der Folge die Verordnung unter Einbezug der wichtigsten Akteure überprüft.
Die vom Bundesrat beschlossene Revision umfasst sowohl verfahrensmässige Verbesserungen wie auch inhaltliche Präzisierungen. Im Vordergrund steht dabei, für die Berechnungsgrundlagen der Flughafengebühren die Anforderungen an die Transparenz zu erhöhen. Zudem werden konkrete Fristen für das Verhandlungsverfahren zwischen den Flughäfen und den Fluggesellschaften gesetzt. Falls die Verhandlungen scheitern, muss der Flughafenhalter dem BAZL einen Antrag auf Basis einer Kostenberechnung vorlegen. Gemäss der bisherigen Verordnung konnte der Flughafenhalter seinen Antrag alternativ auf eine internationale Vergleichsstudie abstützen.
Ein weiterer Punkt betrifft die angemessene Kapitalverzinsung für das von den Flughäfen eingesetzte Kapital. Der Bundesrat verzichtet auf eine Anpassung zu Ungunsten der Flughäfen, führt gleichzeitig aber auch keine Mindestverzinsung ein, wie dies insbesondere vom Flughafen Zürich aufgrund des derzeitigen Tiefzinsniveaus gefordert worden war. Für den Bundesrat sind die heutigen Regelungen angemessen. Sie entsprechen einem sinnvollen Kompromiss zwischen den Interessen der Flughafenhalter und den Interessen der Flugbetriebe.
Der Bundesrat hat zudem die Frage geklärt, in welchem Umfang kommerzielle Erträgen aus dem nicht-flugbetriebsrelevanten Bereich (Kommerz Luftseite, Auto-Parking) in die Gebührenberechnung miteinzubeziehen sind. Der Anteil dieser so genannten Transferzahlungen an der Gebührenrechnung beträgt weiterhin 30 Prozent des ökonomischen Mehrwerts, das heisst des Gewinns, der nach Abzug der Kapitalverzinsung zur Verfügung steht. Dies entspricht der praktischen Umsetzung der Verordnung in der Vergangenheit.